独占禁止法は，事業者が私的独占又は不当な取引制限をすること，不公正な取引方法を用いること等を禁止しており（第３条，第１９条ほか），当委員会は，一般から提供された情報，自ら探知した事実等を検討し，これらの禁止規定に違反する事実があると思料するときは，独占禁止法違反被疑事件として必要な審査を行っている。
　審査事件のうち必要なものについては独占禁止法第４６条の規定に基づく権限を行使して審査を行い，違反する事実があると認められたときは，排除措置を採るよう勧告する（第４８条第１項及び第２項）か，若しくは審判手続を開始し（第４９条第１項），又は違反行為がなくなってから１年を経過していることから勧告を行うことができないが，課徴金納付命令の対象となる場合には，同命令を行っている（第４８条の２）。なお，相手方が勧告を応諾した場合には勧告審決（第４８条第４項），その他の場合は審判手続を経て同意審決（第５３条の３）又は審判審決（第５４条）を行っている。相手方が課徴金納付命令に対して不服申立てをした場合には審判手続が開始され，同納付命令は失効する（第４９条第２項及び第３項）。
　また，勧告等の法的措置（注）を採るに足る証拠が得られなかった場合であっても，違反の疑いがあるときは，関係事業者に対して警告を行い，是正措置を採るよう指導している。
　さらに，違反行為の存在を疑うに足る証拠が得られないが，違反につながるおそれのある行為がみられた場合には，未然防止を図る観点から注意を行っている。
　平成１１年度における審査件数は，前年度からの繰越しとなっていたもの５０件，年度内に新規に着手したもの８２件，合計１３２件であり，このうち本年度内に処理した件数は９３件である。
　９３件の内訳は，勧告２６件，勧告を行っていない課徴金納付命令１件，警告２０件，注意３６件及び違反事実が認められなかったため審査を打ち切ったもの１０件となっている（第１―１表）。

　勧告，警告，注意又は打切りのいずれかの処理を行ったものを行為類型別にみると，私的独占２件，価格カルテル２２件，入札談合２６件，その他のカルテル３件，不公正な取引方法２３件，その他１７件となっている（第２表，附属資料４―５表）。法的措置として勧告等を行った事件は２７件であり，この内訳は，私的独占１件，価格カルテル１件，入札談合１８件，その他のカルテル１件，不公正な取引方法３件，その他３件となっている（第３表，第４表）。
　なお，平成１１年度において，独占禁止法の規定に違反する事実があると思料され，公正取引委員会に報告された事実（申告）の件数は２，１５２件となっている。この報告が書面で具体的な事実を摘示して行われた場合には，措置結果を通知することとされており（第４５条第３項），平成１１年度においては，１，６０１件の通知を行った。