私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律の一部を改正する法律（平成21年法律第51号。以下「平成21年独占禁止法改正法」という。）附則第20条第1項において，「審判手続に係る規定について、全面にわたって見直すものとし、平成二十一年度中に検討を加え、その結果に基づいて所要の措置を講ずるものとする」こととされた。
また，平成21年独占禁止法改正法案に係る衆議院及び参議院の経済産業委員会の附帯決議において，「審判手続に係る規定については、本法附則において、全面にわたって見直すものとし、平成二十一年度中に行う検討の結果所要の措置を講ずることとされているが、検討の結果として、現行の審判制度を現状のまま存続することや、平成十七年改正以前の事前審判制度へ戻すことのないよう、審判制度の抜本的な制度変更を行うこと」とされた。
これらの附則等を踏まえ，平成22年3月12日，公正取引委員会が行う審判制度を廃止するとともに，当委員会が排除措置命令等の行政処分を行おうとする際の意見聴取のための手続の整備等の所要の改正を行うことを内容とする，私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律の一部を改正する法律案が第174回通常国会に提出された。同法律案は，同通常国会から第180回通常国会までの各国会において閉会中審査とされ，平成24年11月16日，第181回臨時国会において審査未了により廃案となった。
平成25年5月24日，技術的修正が行われたほかは前記法律案と同じ内容の私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律の一部を改正する法律案が第183回通常国会に提出された。同法律案は，同通常国会及び第184回臨時国会で衆議院において閉会中審査とされた後，第185回臨時国会で，同年11月21日に衆議院において，同年12月7日に参議院において，それぞれ可決されて成立した（平成25年法律第100号）。この法律は，一部の規定を除き，公布の日（平成25年12月13日）から起算して1年6月を超えない範囲内において政令で定める日から施行することとされている。
ア 審判官を廃止することとした。
イ 審判制度に係る規定を廃止することとした。
ウ 審決の取消しの訴えは，審決がその効力を生じた日から30日以内に提起しなければならないとする規定を廃止することとした。
エ 審決の取消しの訴えに係る訴訟については，公正取引委員会の認定した事実は，これを立証する実質的な証拠があるときには，裁判所を拘束するとする規定を廃止することとした。
オ 審決取消訴訟の当事者は，裁判所に対し，公正取引委員会が認定した事実に関する証拠の申出をする場合には，公正取引委員会が正当な理由がなく当該証拠を採用しなかった場合等に該当することを理由とするものであることを要するとする規定を廃止することとした。
(ア) 排除措置命令をしようとするときは，当該排除措置命令の名宛人となるべき者について，意見聴取を行わなければならないこととした。
(イ) 意見聴取を行うに当たっては，意見聴取を行うべき期日までに相当な期間をおいて，排除措置命令の名宛人となるべき者に対し，予定される排除措置命令の内容等を書面により通知しなければならないこととした。
(ウ) 前記(イ)の通知を受けた者（以下「当事者」という。）は，代理人を選定することができることとした。
(エ) 当事者は，公正取引委員会に対し，当該意見聴取に係る事件について公正取引委員会の認定した事実を立証する証拠の閲覧又は謄写（謄写については，当該証拠のうち，当該当事者若しくはその従業員が提出したもの又は当該当事者若しくはその従業員の供述を録取したものとして公正取引委員会規則で定めるものの謄写に限る。）を求めることができることとした。
(オ) 意見聴取は，公正取引委員会が事件ごとに指定するその職員（以下「指定職員」という。）が主宰することとした。
(カ) 指定職員は，当該意見聴取に係る事件について指定された審査官その他の当該事件の調査に関する事務に従事した職員（後記(キ)において「審査官等」という。）に，予定される排除措置命令の内容等を意見聴取の期日に出頭した当事者に対し，説明させなければならないこととした。
(キ) 当事者は，意見聴取の期日に出頭して，意見を述べ，及び証拠を提出し，並びに指定職員の許可を得て審査官等に対し質問を発することができることとした。
(ク) 当事者は，意見聴取の期日への出頭に代えて，指定職員に対し，意見聴取の期日までに陳述書及び証拠を提出することができることとした。
(ケ) 指定職員は，意見聴取の期日における当事者による意見陳述等の経過を記載した調書を作成し，当該調書において，当事者の陳述の要旨を明らかにしておかなければならないこととした。
(コ) 指定職員は，意見聴取の終結後速やかに，当該意見聴取に係る事件の論点を整理し，当該整理された論点を記載した報告書を作成し，前記(ケ)の調書とともに公正取引委員会に提出しなければならないこととした。
(サ) 公正取引委員会は，排除措置命令に係る議決をするときは，前記(ケ)の調書及び前記(コ)の報告書の内容を十分に参酌しなければならないこととした。
(ア) 課徴金の納期限は，課徴金納付命令書の謄本を発する日から7月を経過した日とすることとした。
(イ) 納付命令をしようとするときは，当該納付命令の名宛人となるべき者について，意見聴取を行わなければならないこととし，排除措置命令に係る意見聴取に関する規定を準用することとした。
(ア) 独占的状態があると認める場合に審判開始決定を行うことができる規定を廃止し，競争回復措置命令を行うこととした。
(イ) 競争回復措置命令をしようとするときは，当該競争回復措置命令の名宛人となるべき者について，意見聴取を行わなければならないこととし，排除措置命令に係る意見聴取に関する規定を準用することとした。
(ウ) 公正取引委員会は，競争回復措置命令の名宛人となるべき者に対し意見聴取に係る通知をしようとするときは，当該事業者の営む事業に係る主務大臣に協議し，かつ，公聴会を開いて一般の意見を求めなければならないこととした。
ア 審決に係る抗告訴訟の第一審裁判権は東京高等裁判所に属するとする規定を廃止し，排除措置命令等に係る抗告訴訟等は，東京地方裁判所の専属管轄とすることとした。
イ 東京地方裁判所は，排除措置命令等に係る抗告訴訟等については，3人の裁判官の合議体で審理及び裁判をすることとした。
ウ 前記イにかかわらず，東京地方裁判所は，排除措置命令等に係る抗告訴訟等について，5人の裁判官の合議体で審理及び裁判をする旨の決定をその合議体ですることができることとした。
エ 東京地方裁判所がした排除措置命令等に係る抗告訴訟等についての終局判決に対する控訴等が提起された東京高等裁判所においては，当該控訴等に係る事件について，5人の裁判官の合議体で審理及び裁判をする旨の決定をその合議体ですることができることとした。
オ 排除措置命令等に係る抗告訴訟については，国の利害に関係のある訴訟についての法務大臣の権限等に関する法律（昭和22年法律第194号）第6条の規定を適用しないこととした。
審判制度に係る罰則規定について所要の整備を行うこととした。
平成24年8月に成立した，社会保障の安定財源の確保等を図る税制の抜本的な改革を行うための消費税法の一部を改正する等の法律（平成24年法律第68号）において，消費税の円滑かつ適正な転嫁を確保する観点から独占禁止法及び下請法の特例に係る必要な法制上の措置を講じることとされたこと等を踏まえ，消費税の転嫁を阻害する行為の是正，価格の表示並びに消費税の転嫁及び表示の方法の決定に係る共同行為に関する特別措置を主な内容とする，消費税の円滑かつ適正な転嫁の確保のための消費税の転嫁を阻害する行為の是正等に関する特別措置法案が平成25年6月5日に可決・成立し，同月12日に公布された（平成25年法律第41号）。消費税転嫁対策特別措置法は，同年6月15日に施行された一部の規定を除き，同年10月1日に施行された（平成25年政令第182号）。国会における審議状況及び同法の主な内容は次のとおりである。
消費税の円滑かつ適正な転嫁の確保のための消費税の転嫁を阻害する行為の是正等に関する特別措置法案は，平成25年3月22日に閣議決定され，同日に第183回通常国会に提出された。同法律案は，衆議院においては，同年4月12日に本会議で趣旨説明及び質疑が行われ，同日，経済産業委員会に付託された後，同年5月17日の同委員会で一部修正の上，同日に同委員会及び本会議でそれぞれ可決され，参議院に送付された。参議院においては，同月27日に本会議で趣旨説明及び質疑が行われ，同日，経済産業委員会に付託された後，同年6月4日に同委員会で，同月5日に本会議で，それぞれ可決され，同法律案は成立し，同月12日に公布された。
特定事業者は，平成26年4月1日以後に特定供給事業者から受ける商品又は役務の供給に関して，次に掲げる行為をしてはならないこととした(注)。
(注) 「特定事業者」及び「特定供給事業者」とは，それぞれ下表に掲げる事業者をいう。
(ア) 減額又は買いたたき
商品若しくは役務の対価の額を減じ，又は商品若しくは役務の対価の額を当該商品若しくは役務と同種若しくは類似の商品若しくは役務に対し通常支払われる対価に比し低く定めることにより，特定供給事業者による消費税の転嫁を拒むこと。
(イ) 商品購入，役務利用又は利益提供の要請
特定供給事業者による消費税の転嫁に応じることと引換えに，自己の指定する商品を購入させ，若しくは自己の指定する役務を利用させ，又は自己のために金銭，役務その他の経済上の利益を提供させること。
(ウ) 本体価格での交渉の拒否
商品又は役務の供給の対価に係る交渉において消費税を含まない価格を用いる旨の特定供給事業者からの申出を拒むこと。
(エ) 報復行為
前記(ア)から(ウ)までに掲げる行為があるとして特定供給事業者が公正取引委員会，主務大臣又は中小企業庁長官に対しその事実を知らせたことを理由として，取引の数量を減じ，取引を停止し，その他不利益な取扱いをすること。
(ア) 報告及び検査
a 公正取引委員会，主務大臣又は中小企業庁長官は，前記アに違反する行為を是正するために必要があると認めるときは，特定事業者若しくは特定供給事業者に対しその取引に関する報告をさせ，又はその職員に特定事業者若しくは特定供給事業者の事務所若しくは事業所に立ち入り，帳簿書類その他の物件を検査させることができることとした。
b 前記aにより職員が立ち入るときは，その身分を示す証明書を携帯し，関係人に提示しなければならないこととした。
c 前記aによる立入検査の権限は，犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならないこととした。
(イ) 指導又は助言
公正取引委員会，主務大臣又は中小企業庁長官は，特定事業者に対し，前記アに違反する行為を防止し，又は是正するために必要な指導又は助言をするものとすることとした。
(ウ) 措置請求
主務大臣又は中小企業庁長官は，前記アに違反する行為があると認めるときは，公正取引委員会に対し，この法律の規定に従い適当な措置を採るべきことを求めることができることとした。ただし，次に掲げるときは，当該求めをするものとすることとした。
a 当該行為が多数の特定供給事業者に対して行われていると認められるとき。
b 当該行為によって特定供給事業者が受ける不利益の程度が大きいと認められるとき。
c 当該行為を行った事業者が前記アに違反する行為を繰り返し行う蓋然性が高いと認められるとき。
d 前記aからcまでに掲げるもののほか，消費税の円滑かつ適正な転嫁を阻害する重大な事実があると認められるとき。
(エ) 勧告
公正取引委員会は，特定事業者について前記アに違反する行為があると認めるときは，その特定事業者に対し，速やかに消費税の適正な転嫁に応じることその他必要な措置を採るべきことを勧告し，その旨を公表するものとすることとした。
(ア) 省庁間での情報共有等
公正取引委員会，主務大臣及び中小企業庁長官は，前記アに違反する行為の防止又は是正のため，相互に情報又は資料を提供することができることとした。
(イ) 公正取引委員会等への通知
国の行政機関の長又は地方公共団体の長は，前記アに違反する行為があると疑うに足りる事実があるときは，公正取引委員会，主務大臣又は中小企業庁長官に対して，その事実を通知するものとすることとした。
(ウ) 都道府県知事等への権限の付与
政令により，主務大臣等の権限の一部を都道府県知事等に付与することができることとした。
事業者は，平成26年4月1日以後における自己の供給する商品又は役務の取引について，次に掲げる表示をしてはならないこととした。
(ア) 取引の相手方に消費税を転嫁していない旨の表示
(イ) 取引の相手方が負担すべき消費税に相当する額の全部又は一部を対価の額から減ずる旨の表示であって消費税との関連を明示しているもの
(ウ) 消費税に関連して取引の相手方に経済上の利益を提供する旨の表示であって前記(イ)に掲げる表示に準ずるものとして内閣府令で定めるもの
(ア) 内閣総理大臣，公正取引委員会，主務大臣又は中小企業庁長官は，前記アに違反する行為を是正するために必要があると認めるときは，事業者に対しその表示に関する報告をさせ，又はその職員に事業者の事務所若しくは事業所に立ち入り，帳簿書類その他の物件を検査させることができることとした。
(イ) 前記(ア)により職員が立ち入るときは，その身分を示す証明書を携帯し，関係人に提示しなければならないこととした。
(ウ) 前記(ア)による立入検査の権限は，犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならないこととした。
ア 事業者は，自己の供給する商品又は役務の価格を表示する場合において，今次の消費税率の引上げに際し，消費税の円滑かつ適正な転嫁のため必要があるときは，現に表示する価格が税込価格であると誤認されないための措置を講じているときに限り，消費税法(昭和63年法律第108号)第63条の規定にかかわらず，税込価格を表示することを要しないこととした。
イ 前記アにより税込価格を表示しない事業者は，できるだけ速やかに，税込価格を表示するよう努めなければならないこととした。
ウ 事業者は，自己の供給する商品又は役務の税込価格を表示する場合において，消費税の円滑かつ適正な転嫁のため必要があるときは，税込価格に併せて，消費税を含まない価格又は消費税の額を表示するものとすることとした。
エ 前記ウの場合において，税込価格が明瞭に表示されているときは，当該消費税を含まない価格の表示については，景品表示法第4条第1項の規定は，適用しないこととした。
ア 事業者が消費税を取引の相手方に円滑かつ適正に転嫁するため，事業者又は事業者団体が，公正取引委員会規則で定めるところにより当委員会に届出をしてする平成26年4月1日から平成29年3月31日までの間における商品又は役務の供給に係る次に掲げる共同行為(事業者団体がその直接又は間接の構成事業者に当該共同行為をさせる行為を含む。)については，独占禁止法の規定を適用しないこととした。
(ア) 事業者又は構成事業者が供給する商品又は役務に係る消費税の転嫁の方法の決定に係る共同行為(その共同行為に参加している事業者の3分の2以上が中小事業者である場合又はその共同行為に係る事業者団体が，その構成事業者の3分の2以上が中小事業者であり若しくはその直接若しくは間接の構成員である事業者団体のそれぞれの構成事業者の3分の2以上が中小事業者であるものである場合に限る。)
(イ) 事業者又は構成事業者が供給する商品又は役務に係る消費税についての表示の方法の決定に係る共同行為
イ 法律の規定に基づいて設立された組合(組合の連合会を含む。)であって政令で定めるものは，当該法律の規定にかかわらず，当該組合の事業として前記アの共同行為をすることができることとした。
ウ 公正取引委員会は，前記イの政令で定める組合に係る前記アの届出を受理したときは，遅滞なく，当該組合を所管する大臣に通知しなければならないこととした。
消費税転嫁対策特別措置法の施行に伴い，消費税の円滑かつ適正な転嫁の確保のための消費税の転嫁を阻害する行為の是正等に関する特別措置法施行令（以下「消費税転嫁対策特別措置法施行令」という。）の制定及び公正取引委員会事務総局組織令の改正を行い，関係規定について所要の整備を行った（平成25年政令第269号（平成25年9月13日公布，10月1日施行））。概要は以下のとおりである。
消費税転嫁対策特別措置法により，消費税の転嫁及び表示の方法の決定に係る共同行為に関する特別措置が導入されたことに伴い，消費税転嫁対策特別措置法において政令に委任している中小事業者の範囲等について規定した。
a 中小事業者の範囲
事業者又は構成事業者が消費税の転嫁及び表示の方法の決定に係る共同行為を行うにはその参加事業者等の3分の2以上が中小事業者であることが必要であるところ，政令に委任されている中小事業者の範囲を定めた。
b 消費税の転嫁及び表示の方法の決定に係る共同行為を行うことができる組合
組合の事業として消費税の転嫁及び表示の方法の決定に係る共同行為を行うことができない組合について，設置根拠法の規定にかかわらず当該共同行為を行うことができる組合等を定めた。
c 都道府県が処理する事務
主務大臣の権限に属する事務のうち，都道府県の執行機関が行うこととする事務等を定めた。
d 権限の委任
主務大臣の権限のうち，地方支分部局の長に委任する権限等を定めた。
消費税転嫁対策特別措置法の施行に伴い，公正取引委員会事務総局の局，部及び課の所掌事務の範囲につき所要の改正を行った。
消費税転嫁対策特別措置法により，大規模小売事業者が特定事業者として同法の規制対象となったことに伴い，同法において公正取引委員会規則に委任している大規模小売事業者について規定した。
消費税転嫁対策特別措置法第2条第1項第1号に規定する「大規模小売事業者」を①前事業年度における売上高（特定連鎖化事業を行う者にあっては，当該特定連鎖化事業に加盟する者の売上高を含む。）が100億円以上である者又は②一定以上の店舗面積の店舗を有する者と定めた。
消費税転嫁対策特別措置法により，消費税の転嫁及び表示の方法の決定に係る共同行為に関する特別措置が導入されたことに伴い，消費税転嫁対策特別措置法において公正取引委員会規則に委任している消費税の転嫁及び表示の方法の決定に係る共同行為の届出の手続及び届出書の様式を規定した。
a 消費税の転嫁の方法の決定に係る共同行為の実施届出，変更届出及び廃止届出の手続並びに各届出書の様式を定めた。
b 消費税についての表示の方法の決定に係る共同行為の実施届出，変更届出及び廃止届出の手続並びに各届出書の様式を定めた。
消費税転嫁対策特別措置法の施行に伴い，同法の執行の統一を図るとともに，法運用の透明性を確保し，違反行為の未然防止に資するため，「消費税の転嫁を阻害する行為等に関する消費税転嫁対策特別措置法，独占禁止法及び下請法上の考え方」を策定し，平成25年9月10日に公表した。
a 消費税の転嫁拒否等の行為の是正に関する特別措置に関する解釈の明確化を図るとともに，運用方針を示した。
b 消費税の転嫁及び表示の方法の決定に係る共同行為に関する特別措置について，どのような行為が問題となり，また，どのような行為が問題とならないかを具体的に示した。
c 消費税率の引上げに際し，独占禁止法及び下請法上，どのような行為が問題となるのかについても具体的に示した。
公正取引委員会は，関係行政機関が特定の政策的必要性から経済法令の制定又は改正を行おうとする際に，これら法令に独占禁止法の適用除外や競争制限的効果をもたらすおそれのある行政庁の処分に係る規定を設けるなどの場合には，その企画・立案の段階で，当該行政機関からの協議を受け，独占禁止法及び競争政策との調整を図っている。
公正取引委員会は，関係行政機関が特定の政策的必要性から行う行政措置等について，独占禁止法及び競争政策上の問題が生じないよう，当該行政機関と調整を行っている。