総務課・会計室・企画官
総務課では，事務総局内の事務の総合調整を行うほか，公正取引委員会が所管する法令の制定・改廃のために必要な手続や情報公開，政策評価，情報システムの整備・管理，予算，会計，物品調達・管理などを行っています。
また，国会の審議の状況について情報を収集し，各局・各部が的確に対応することができるように調整します。
さらに，独占禁止法や競争政策についてのPRのためのパンフレットやDVDの作成，消費者教育推進のための独占禁止法教室等の開催，新聞発表といった広報に関する業務も行っています。
このほか，排除措置命令等を行う際の処分前手続である意見聴取手続に関する事務や，平成27年3月31日までに排除措置命令及び課徴金納付命令に係る事前通知が行われた事件に係る審判手続に関する事務，任意の供述聴取に係る苦情申立てに関する事務も行っています。
人事課・企画官
事務総局職員の人事，給与，研修，福利厚生及び公正取引委員会の機構や人員の拡充の要求を担当しています。
国際課・企画官
経済活動のグローバル化に伴って，自由市場経済における経済活動の基本ルールである独占禁止法（競争法）や競争政策に関して各国共通の課題が生じてきており，各国独占禁止当局（競争当局）との連携が重要になっています。
公正取引委員会は，アメリカ，ドイツ，フランス，EU，韓国等の独占禁止当局（競争当局）と定期的に意見交換を行っており，OECD等の国際機関における競争政策に関する議論も積極的に参加しています。国際課は，このような国際関係の業務を担当しています。
また，アジア諸国や市場経済移行国等における競争政策の導入・推進等のための技術協力も行っています。
