取引企画課
取引企画課は，取引部内の事務の総合調整を行うほか，不公正な取引方法によって，公正な競争が阻害されることがないよう，独占禁止法違反行為の未然防止の観点から，どのような行為が独占禁止法に違反するのかを，分野や業種別に具体的に明らかにしたガイドラインを策定・公表するなどしています。
取引調査室
取引調査室は，様々な業界の流通実態，価格形成の仕組み，取引慣行などの取引の実態を調査し，競争政策上の問題点の指摘・指導を行っています。
相談指導室
相談指導室は，企業や業界団体の方々がこれから行おうとする事業活動に関する独占禁止法上の問題についての相談業務を担当しています。
様々な業種・業界から寄せられる相談を，個々に検討し，独占禁止法違反を起こさずに企業が事業活動を行うことができるようにしています。
企業取引課・企画官
企業取引課では，大企業などの取引上優越した地位にある事業者が，その地位を利用して，取引先の中小企業などに不当に不利益を与えることによって，公正な競争が阻害されることのないよう，ガイドラインの作成や不当な取引慣行についての実態調査を行っています。
また，親事業者が下請事業者に対して製造委託，修理委託，情報成果物作成委託及び役務提供委託をする場合に，著しく低い対価を定めて発注したり，代金を減額して支払ったりというような行為が行われないよう，独占禁止法の補完法として下請代金支払遅延等防止法（下請法）が定められています。企業取引課では，事業者からの相談に対応したり，下請取引適正化推進月間（毎年11月）に全国各地で講習会を開催したりするなど，下請法の普及・啓発により下請法違反行為を未然に防止するための活動をしています。
下請取引調査室・上席下請取引検査官
下請取引調査室では，下請代金の減額や支払遅延といった下請法違反を調査し，違反者に対しては勧告等により下請法違反をやめさせるとともに，減額した代金を返還させるなどの措置を採っています。
下請事業者が親事業者の下請法違反を公正取引委員会に申し立てることは難しいので，書面調査により積極的に下請法違反の発見に努めています。
